Mission 1－Tanis
关卡简介：The Mothership prepares to undertake a series of trials at Tanis, a secret Hiigaran outpost in the Great Wastelands.
主要任务
1、采集700单位的资源（Begin Harvesting.Collect 700 RU's）
2、建造战斗机子系统（Build a fighter Facility）
3、建造一队拦截机（Build a Squadron of Interciptors.）
4、指挥拦截机攻击靶机（Use the Interceptors to destroy the target drones.）
5、打败入侵的瓦格族战机（Defeat Vaygr forces at Chimera.）
6、保护母舰（Protect the Mothership）
7、摧毁敌战机和跳跃门（Eliminate the Vaygr Hyperspace Gates and the Vaygr Fighters.）
次要任务
1、建造轰炸机（Build a Squadron of Bombers.）
攻略指南：
一进入游戏，选中资源收集船（Resource Collector），按“H”键，让它去收集资源存储罐，只要收集一个，就能得到700元钱，提示一下，二代中资金是显示在屏幕右上角的。接着按照提示建造战斗机子系统，方法是按“B”键，在弹出的窗口中点击有个黄色三角的fighter Facility按钮就行。造完战斗机子系统后，顺手造一队拦截机（Interciptors）前往系统指示的地点攻击靶机。
值得注意的是二代中战斗机不再是一架架的了，而是一队队，拦截机一队有五架，这可以在建造面板中战斗机建造按钮上看出。还有，一队战机中只要有一架战机存活并回到母舰补给，那么被摧毁的另外四架战机就能得到补充。而攻击方法和一代类似，这里就不再做介绍了。
当打掉所有的靶机后，瓦格族便开始入侵了，玩家这时只需要指挥三队战机进行迎敌，便能轻松打退敌人的第一波进攻，但不要高兴太早，敌人的第二波攻击接着马上就来到，而且不同第一波进攻，第二波的攻击舰队中有一艘重型导弹护卫舰（Heavy Missile Frigate），这艘战舰对母舰有一定的威胁，马上建造轰炸机（Bombers），并在两分钟的时间内，协助拦截机将其消灭。
刚击退敌人的第二波进攻，还没来得及喘口气，敌人的三个超太空跳跃门（Hyperspace Gate）就出现在母舰的前方，不用说，这是敌人的第三波进攻。指挥拦截机阻止从跳跃门出来的敌轰炸机的进攻，而我方轰炸机则趁机击毁那三个跳跃门。
力挫敌人三次进攻后，瓦格族的主力舰队跳跃出来，包围了母舰，母舰见势不妙，立即跳跃逃走。
Mission 2 - Angel Moon
关卡简介：Arriving on the Homeworld system, the Mothership must rendezvous with its crew and mount a desperate defense.
主要任务：
1、保护所有运输船（Protect the crew transports.）
2、在瓦格族运载舰撤退前，击沉它（Destroy Vaygr Carrier before it escapes.）
次要任务：
1、建造资源收集船（Build Resource Collectors.）
2、摧毁瓦格族的战斗机（Destroy Vaygr Fighter Facility.）
3、建造护航舰子系统（Build a Corvette Facility.）
攻略指南：
跳跃出来后，立即指挥拦截机去保护朝母舰移动的六艘希格拉运输船，而轰炸机则去攻击母舰前方的瓦格族运载舰。
当前方战斗的时候，母舰可以多造几艘资源收集船，加快采矿速度，在资源充足的情况下，也可以再造些拦截机帮忙保护运输船。
瓦格族的运载舰会不断派出战斗机攻击希格拉的运输船，这时单靠拦截机保护运输船显的力不从心了，可以考虑建造护航舰子系统（Corvette Facility）出炮艇（Gunship）或激光炮艇（Pulsar Gunship）协同拦截机保护运输船。
见战斗机无法拿下希格拉的运输船，瓦格族便从超太空中跳跃出了几艘护卫舰偷袭运输船，在这危及时刻，希格拉方面的增援及时赶到，在瓦格族护卫舰队后方跳跃了出来，正好从后面对这帮偷袭的家伙打了个措手不及。那艘瓦格族的运载舰也同样难逃被毁灭的厄运，在增援舰队的强大攻势下，很快就被消灭。
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